Bosnia fue invadida y conquistada por la Alemania nazi al principio de la guerra.
Como muchas de las naciones conquistadas en ese momento, tenía ambos lados. El lado proalemán era el Gobierno de Salvación Nacional. Algunos bosnios luchaban por el ejército alemán en Rusia.
Gran parte de la población fue asesinada por los alemanes o los chetniks (un movimiento anti-Islam). El movimiento Chetnik adoptó una política de colaboración con respecto al Eje, y participó en la cooperación en un grado u otro estableciendo modus vivendi u operando como fuerzas auxiliares “legalizadas” bajo el control del Eje.
A partir de 1941, los comunistas yugoslavos bajo el liderazgo de Josip Broz Tito organizaron su propio grupo de resistencia multiétnica, los partisanos, que lucharon contra las fuerzas del Eje, Ustaše y Chetnik. Ellos también cometieron numerosas atrocidades, principalmente contra opositores políticos de todas las etnias.
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La 13ª División de la Montaña Waffen de la SS Handschar (1er croata) fue la primera división Waffen -SS no germánica, compuesta por musulmanes bosnios (étnicos bosnios) con algunos soldados católicos croatas y en su mayoría oficiales y no oficiales alemanes y yugoslavos Volksdeutsche (étnicos alemanes) suboficiales.
Bosnia era un pozo de serpientes, y un lugar desagradable para estar durante la Segunda Guerra Mundial, y de hecho no fue mucho mejor por mucho tiempo después. Todavía no es tan genial hoy.