La postura oficial del gobierno japonés sobre la existencia de la Unidad 731 es ambigua.
A diferencia de otros gobiernos, Japón no ha producido ninguna historia oficial de sus acciones en la Segunda Guerra Mundial. Hubo una serie de monografías históricas semioficiales producidas por historiadores y funcionarios japoneses poco después de la guerra en cooperación con el ejército estadounidense, pero estas no cubrieron la Unidad 731.
Ha habido dos juicios por crímenes de guerra de miembros de miembros de la Unidad 731 (entre otros), uno realizado por el Tribunal Internacional de Crímenes de Guerra para el Lejano Oriente celebrado en Yokohama y un juicio organizado por la URSS en Khabarovsk. Ambos resultaron en condenas por las actividades de la Unidad 731 durante la guerra.
La posición del gobierno japonés respecto de todos los juicios y veredictos de crímenes de guerra ha sido la misma: aceptar las sentencias dictadas pero no asumir la responsabilidad de ellas.
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Mientras aceptaba los veredictos de los tribunales de crímenes de guerra por tratado, el gobierno japonés no asumió la responsabilidad. El gobierno japonés ha argumentado que asumir la responsabilidad daría legitimación legal a los ciudadanos japoneses para solicitar un nuevo juicio en los tribunales japoneses. Así, Japón se ha ahorrado la vergüenza de volver a intentar y posiblemente anular los veredictos de crímenes de guerra.
En cualquier caso, la Unidad 731 cometió numerosas violaciones del derecho internacional. Aunque Japón no fue signatario del protocolo de Ginebra de las convenciones de La Haya que prohíben las armas químicas y biológicas, otros combatientes (China, Gran Bretaña, Holanda, entre otros) sí lo fueron y Japón estaba obligado a respetar sus disposiciones.
Los Estados Unidos tampoco han hecho exactamente lo correcto con respecto a la Unidad 731: el comandante, Shiro Isii, se mudó a los Estados Unidos y ayudó a establecer los programas de armas biológicas de los Estados Unidos. A otros miembros de la Unidad 731 se les redujeron sus sentencias a cambio de ayudar con el desarrollo de armas de los Estados Unidos.