No hay indicación de origen común para las lenguas nativas americanas.
Hay más de dos docenas de familias de idiomas en América del Norte, y muchos idiomas que solo se incluyen tenuemente en las listas de familias. Otros se consideran aislados y ni siquiera se pueden clasificar claramente.
Incluso dentro de las grandes familias de idiomas existe una considerable divergencia y la inteligibilidad mutua no es necesariamente la norma. No existe una lengua proto-nativa americana como se puede encontrar con las lenguas indoeuropeas o urálicas de Europa. Tampoco hay una afinidad comprobada entre ningún idioma nativo americano y asiático.
Esto tiende a ilustrar la migración antigua al Nuevo Mundo, el relativo aislamiento de las poblaciones fundadoras y tal vez explica el Haplogroup X y representa algunas existencias lingüísticas antiguas (con la divergencia HG X2 hace aproximadamente 20,000 años).
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