En el siglo X d. C., el khanato turco-khanid Kara, que compartía ascendencia con los uigures originales, obtuvo el control de la mayor parte de Xinjiang. La población de Xinjiang también comenzó a convertirse del maniqueísmo y lamaísmo (budismo tibetano) al islam sunita en este momento.
Los mongoles invadieron en el siglo XIII y finalmente asumieron el control sobre toda la región. En horas extras, los mongoles fueron absorbidos por la población turca. Una sucesión de kanatos turko-mongoles controlaron la región hasta que China, bajo la dinastía Qing Tungustic Manchu ( Mǎnzú ), recuperó el control sobre el área en 1759, después de una ausencia de 800 años de autoridad “china”.
Entonces la dinastía Ming fue de 1368–1644.
Durante este tiempo, el área estaba controlada por kanatos turcos-mongoles de Asia Central / del Sur, hasta que los Qing invadieron en 1759.
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Entonces hubo varios períodos:
Moghulistan (mongoles)
Yarkent Khanate (turcos indígenas de Xinjiang)
Dzungar Khanate (turcos indígenas de Xinjiang)
Durante este tiempo, la religión pasó de ser principalmente budista a musulmana.