Esta pregunta requiere mucha aclaración.
Primero y principal, el presidente no es un emperador o rey. Tiene muy poco poder (especialmente en aquellos días), y el poder que tiene está muy limitado a cierta autoridad específica. El presidente no tenía absolutamente nada que decir sobre el asunto, punto.
Segundo, tampoco el Congreso es todopoderoso. Nuestra Constitución es la “Ley Suprema de la Tierra”, e incluso está muy limitada a ciertos poderes que se describen claramente. Los poderes no otorgados al gobierno federal (el gobierno de toda la nación) por la Constitución no pueden ejercerse en absoluto.
Estados Unidos es una república federal, lo que significa que en el momento anterior a la Constitución cada país era un país soberano individual. Era muy parecido a la UE de hoy, donde Suecia, Italia y Francia tienen sus propias leyes y poderes, y solo otorgan alguna autoridad específica a la UE en su conjunto. Nuestra Constitución hizo lo mismo, y desde el principio se determinó que el gobierno federal tendría poder para cosas como el comercio internacional, el comercio entre estados y la administración del ejército y la marina. Pero la cuestión de si la esclavitud era legal o ilegal se dejó a cada estado individual. En el momento de la revolución y la posterior creación de la Constitución, básicamente todos los estados tenían esclavitud hasta cierto punto. En los años siguientes, todos los estados de la mitad norte del país prohibieron la esclavitud, pero los estados del sur, no solo Mississippi, sino también Georgia, Texas, Tennessee, Florida, Virginia y varios otros, tuvieron esclavitud legal.
Lincoln solo fue elegido en 1860, pero no se convirtió en presidente hasta que juró su cargo meses después, en marzo de 1861. En los meses entre su elección (noviembre de 1860) y la toma de posesión (marzo de 1861), varios estados del sur se declararon fuera de La unión (separada). Era equivalente a si Grecia abandonaba la UE y se declaraba totalmente independiente para hacer todo lo que la UE hace ahora.
Si bien existe un desacuerdo sobre si los estados del sur tenían el derecho legal de declararse independientes, la paz se rompió cuando Carolina del Sur (el primer estado en abandonar la Unión) atacó un fuerte federal. Lincoln consideró esto como una rebelión abierta y pidió que se creara un ejército en respuesta. Varios estados más declararon la independencia, y esos estados, todos ellos estados del sur donde la esclavitud era legal, se unieron a una Confederación y levantaron ejércitos en respuesta.
Nota: no todos los estados donde la esclavitud era legal se separaron de la Unión. Kentucky, el estado donde nació Lincoln, se encontraba entre el sur y el norte. La esclavitud era legal, pero el estado no estaba a favor de abandonar la Unión para protegerla. Maryland es un estado que también se encuentra entre el norte y el sur, y la esclavitud era legal allí. Maryland rodea principalmente la capital nacional (Washington DC) y si se hubiera separado, la capital de la nación se habría perdido. Lincoln arrestó a miembros de la legislatura del estado de Maryland para evitar que se separaran.
Más tarde, en 1862, después de que la guerra ya había cobrado un alto precio en la muerte y la destrucción, Lincoln trató de poner fin a la guerra anunciando la Proclamación de Emancipación. En él, argumentó que si bien no tenía el poder de liberar a todos los esclavos en todas partes, sí tenía el poder de hacer todo lo necesario para poner fin a la rebelión, por lo que cualquier área que permaneciera en rebelión antes del 1 de enero de 1963, declararía Todos los esclavos deben ser libres. Lo hizo por sus poderes sobre el ejército, ya que no podía liberar legalmente esclavos en lugares que no estaban en rebelión. De modo que los esclavos en Maryland —¡incluso en la capital de la nación! – seguían siendo esclavos, al igual que los de otros estados fronterizos, o en lugares donde la Unión ya había puesto fin a la rebelión y ocupada con tropas (como Louisiana).
La esclavitud no terminó por completo hasta que se cambió la constitución para prohibirla en todos los estados. Los estados confederados debían aceptarlo para recuperar su membresía en la Unión una vez que el ejército de la Unión obligara al ejército confederado a rendirse en 1865.