Las tres acusaciones más creíbles de funcionarios del gobierno de EE. UU. Que espiaron para la Unión Soviética durante las décadas de 1930 y 1940 fueron el funcionario del Departamento de Estado Alger Hiss, el asesor económico de FDR Lauchlin Currie y el economista del Departamento del Tesoro Harry Dexter White. Joseph McCarthy no tuvo absolutamente nada que ver con el establecimiento de un caso sustantivo contra estos hombres. Alger Hiss fue expuesto a través del testimonio en el Congreso de los ex comunistas Whittaker Chambers, mientras que Currie y White fueron expuestos después de que la espía soviética Elizabeth Bentley, nacida en Estados Unidos, desertó a los Estados Unidos. Para 1948, estos tres hombres ya no estaban en el gobierno, y los soviéticos ya habían cerrado temporalmente sus operaciones de espionaje en los Estados Unidos como resultado del retroceso de la deserción de Elizabeth Bentley.
Por el contrario, Joseph McCarthy no se asoció públicamente con el tema anticomunista hasta el 9 de febrero de 1950, cuando pronunció un discurso en Wheeling, Virginia Occidental, que acusó a la Administración Truman de albergar a 205 comunistas que todavía estaban “trabajando y dando forma a la política en el Departamento de Estado “. La cifra de McCarthy de 205 comunistas vino de una carta de 1946 del Secretario de Estado James F. Byrnes al congresista Adolph J. Sabath. La carta decía que las investigaciones de seguridad del Departamento de Estado habían emitido una “recomendación contra el empleo permanente” contra 284 empleados del Departamento de Estado, pero solo 79 habían sido removidos de sus trabajos. McCarthy restó 284 menos 79 y obtuvo el número 205. Las matemáticas de McCarthy podrían haber sido correctas en un sentido estricto, pero la carta de Byrnes ya tenía cuatro años cuando McCarthy la había citado en su discurso, y solo quedaban 65 empleados de el 205 original. Además, McCarthy no mencionó que los 65 empleados que quedaban se habían sometido a controles de seguridad adicionales. Además de no respetar a los empleados que habían sido autorizados a través del debido proceso, McCarthy combinó la distinción entre ser marcado como un riesgo potencial de seguridad y demostrar que alguien era comunista. Finalmente, incluso si los 65 empleados restantes habían sido comunistas, McCarthy no tenía pruebas de que ninguno de ellos hubiera espiado por los soviéticos o que estuvieran “formando una política en el Departamento de Estado”.
A diferencia de los casos de espías de más alto perfil expuestos por Elizabeth Bentley, Whittaker Chambers y las propias investigaciones internas de la Administración Truman, los objetivos más importantes de Joseph McCarthy eran una amenaza mucho menor. McCarthy apuntó a Owen Lattimore, un experto académico en China, acusándolo de ser el “principal agente de espionaje ruso en los Estados Unidos”. En 1952, Lattimore fue acusado de siete cargos de perjurio derivados de su testimonio ante el Subcomité de Seguridad Interna del Senado de los Estados Unidos, pero todos los cargos en su contra fueron desestimados más tarde. Lattimore también reforzó su credibilidad al instar a McCarthy a repetir sus cargos fuera de las cámaras del Senado de EE. UU., Donde McCarthy ya no estaría sujeto a la inmunidad del Congreso contra ser demandado por calumnia, pero McCarthy se negó a hacerlo. En la década de 1930, Lattimore publicó un artículo en un diario académico que defendía los juicios de purga de Stalin, pero en 1940 ya estaba tratando de advertir contra la posibilidad de la expansión soviética en China.
Otros dos de los objetivos de McCarthy, el dentista del ejército Irving Peress y la secretaria de comunicaciones del ejército estadounidense Annie Lee Moss, pueden haber tenido alguna conexión con el Partido Comunista, pero no fueron espías ni ninguna amenaza de seguridad importante. Irving Peress llamó la atención de McCarthy porque había sido ascendido a comandante del ejército a pesar de ser miembro del izquierdista Partido Laborista estadounidense, pero trabajó principalmente como dentista del ejército, no realmente un trabajo que afecta la seguridad nacional. Annie Lee Moss apareció en los registros del Partido Comunista y como posible suscriptora del Daily Worker, pero cuando trabajaba como secretaria de comunicaciones, solo tenía acceso a las comunicaciones que ya habían sido encriptadas. Cuando McCarthy citó a la Sra. Moss ante el Congreso en 1954, la confrontación realmente hizo que McCarthy se viera peor, porque Moss era una mujer afroamericana relativamente pequeña de 49 años. Incluso para los estándares de 1954, la óptica era muy mala, y McCarthy se mostró muy malvado hacia una mujer de baja estatura con una bata descuidada que apenas se parecía a la mente maestra detrás de un anillo de espías comunista.
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Por último, McCarthy fue tras el teniente de la Fuerza Aérea Milo Radulovich, que había sido despojado de su comisión como resultado de que McCarthy caracterizara a su padre y hermana como simpatizantes comunistas. La pionera revista de noticias de televisión Edward R. Murrow See It Now mostró que Radulovich fue objeto de escrutinio porque el padre de Radulovich se suscribió a periódicos en idioma serbio para mantenerse al día con los acontecimientos en Yugoslavia. Dado que uno de esos periódicos estaba vinculado a un grupo acusado de simpatías comunistas, el teniente Radulovich fue despojado de su comisión por estar en estrecha relación con un simpatizante comunista. El caso contra Radulovich fue tan delgado que, como resultado de la transmisión de 1953 de la historia de Radulovich en See It Now, la Fuerza Aérea lo reincorporó un mes después.
Tenemos ejemplos reales de empleados estadounidenses que pasan secretos del gobierno a los soviéticos, pero casi todos estos casos ocurrieron en la década de 1930 y mediados de la década de 1940, principalmente durante la alianza estadounidense y soviética contra las potencias del Eje en la Segunda Guerra Mundial. Además, las contramedidas más efectivas contra estos casos de espionaje ya se implementaron a fines de la década de 1940 durante la administración Truman. Cuando Joe McCarthy comenzó a hablar públicamente sobre la infiltración comunista en 1950, el daño ya estaba hecho (debido al espionaje soviético masivo en las décadas de 1930 y 1940), pero casi todas las principales amenazas también habían sido neutralizadas (debido a Los soviéticos se asustan después del caso de espionaje de Elizabeth Bentley y otras revelaciones de los desertores).