Creo que desde la Era de Augusto en adelante, cuando los auxiliares constituían legiones paralelas reales, con soldados de infantería, escaramuzadores y caballería, obtuvieron el mismo entrenamiento que las legiones regulares (Auxilia).
La única diferencia que puedo recordar es que un tribunus (oficial novato) podía manejar durante un tiempo con exclusividad varias cohortes de una legión (o incluso una legión completa) mientras que las legiones de auxiliares siempre estaban bajo las órdenes de praefecti (oficiales con al menos dos años de experiencia y generalmente más).
Pero incluso eso cambió con el tiempo y para fines del siglo I un tribuno nunca soñaría con ser más que el subordinado de su praefectus y nunca manejaría una parte de la legión sin su control directo.
Para más información, sugiero leer Epitoma rei militaris por Publius Flavius Vegetius Renatus. Da una buena idea de la instrucción de las legiones, pero como no era militar, parece que a veces da detalles mixtos del siglo II a. C. y el final del primer siglo.
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