Depende de cómo se defina mortal y cómo se defina la guerra. Si vamos por el número total de personas asesinadas, es fácilmente la Segunda Guerra Mundial, que resultó en la muerte de alrededor de 60 millones de personas, o el 2.5% de la población mundial. También podríamos incluir que cualquier número de conflictos más largos se libraron en regiones de alta población que fueron en gran medida destructivas debido a la enfermedad y la hambruna que infligieron, a menudo involucrando a potencias coloniales europeas.
Pero mi contendiente por la guerra más mortal sería la Guerra de la Triple Alianza, que se libró entre 1864 y 1870 entre Paraguay y la alianza de Brasil, Argentina y Uruguay, lo que resultó en la muerte de entre 60% y 90% de la población de Paraguay.
Guerra paraguaya
El enlace explica la guerra en detalle. Pero en resumen, Francisco Solano López (en la foto), el presidente dictatorial de Paraguay, intentó confrontar a sus vecinos y extender el control de Paraguay sobre la región. 
Esto fue a pesar de la paralizante debilidad económica y militar de Paraguay: había sido un país cerrado con una economía prácticamente de subsistencia desde su independencia de España en 1811, en comparación con los ricos e industrializados Brasil y Argentina.
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Después de la derrota del ejército paraguayo, López continuó dirigiendo una guerra de guerrillas contra las fuerzas invasoras, negándose a rendirse. La guerra solo terminó con su muerte, después de lo cual la enfermedad y la hambruna destrozaron la ya frágil economía de Paraguay y mataron a miles.
Las estimaciones de víctimas varían, pero incluso el extremo inferior estima que cerca de la mitad de la población murió en solo seis años de guerra. Un censo realizado después de la guerra indica la escala de esto: había 221,000 habitantes, de los cuales 106,000 eran mujeres, 86,000 eran niños y solo 29,000 eran hombres.
En pocas palabras: si fueras un hombre paraguayo en edad de luchar en 1864, probablemente no hubieras sobrevivido hasta 1870. Eso hace que, al menos proporcionalmente, sea una de las guerras más devastadoras de la historia humana.