Las fuerzas militares y de defensa civil japonesas estaban bien capacitadas para combatir los incendios que comenzaron a raíz de los bombardeos, tratar a los heridos y enterrar a los muertos. Estas son las tareas principales que se habrían llevado a cabo en los primeros días y semanas después del bombardeo. El 7 de agosto, la sede de seguridad de Hiroshima se estableció bajo el mando de un vicealmirante, con el objetivo de brindar servicios médicos y eliminar a los muertos dentro de los 3 días posteriores al ataque. Después de enterrar a los muertos y enviar a los heridos a las instalaciones médicas disponibles, comenzó la tarea de inspeccionar y limpiar los vastos campos de escombros y escombros. Este proceso tardó casi 2 años en completarse. Primero, los escombros fueron retirados de las calles principales, lo que permitió a los camiones y equipos pesados un mejor acceso al sitio. En marzo de 1946, las carreteras principales se han limpiado de escombros, y muchos de los edificios en ruinas se han demolido y despejado.
Una vez hecho esto, fue posible comenzar a restaurar la infraestructura necesaria para reconstruir la ciudad; líneas de agua y alcantarillado, líneas eléctricas, distribución de alimentos, etc. En agosto de 1947, dos años después del bombardeo, la mayoría de las personas que vivían en Hiroshima todavía estaban en refugios temporales, pero ya se estaban reconstruyendo tiendas y hogares. Esto se puede ver aquí en una serie de fotos panorámicas de Shunkichi Kikuchi.
Un pequeño número del personal de la Ciudad de Hiroshima seguía en su lugar después del ataque, y trabajó duro para garantizar la distribución y producción de alimentos en la ciudad. Llegaron a distribuir semillas y promover la jardinería a pequeña escala, ya que el hambre era una posibilidad real. El 21 de agosto de 1945, se reunieron en el ayuntamiento en ruinas con las fuerzas estadounidenses de ocupación, que presentaron un programa de privatización de recursos militares y desmovilización de estudiantes y soldados en el área.
El ritmo de la reconstrucción fue lento, ya que se estimó que la ciudad requeriría unos 2 mil millones de yenes para la reconstrucción, y el presupuesto de reconstrucción de la ciudad en 1947 fue de solo 56 millones de yenes. En ausencia de inversiones municipales o federales, la mayor parte de la reconstrucción temprana en Hiroshima fue realizada por ciudadanos privados que actuaron por iniciativa propia.
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