El Rajput comenzó a emerger como una potencia dominante después de la derrota de la dinastía Lodi. Los Rajputs se opusieron al surgimiento del Imperio mogol y a menudo apoyaron a los rivales musulmanes de Akbar, incluido Baz Bahadur, lo que causó mucha tensión en la región. Akbar emprendió una serie de campañas contra los Rajputs. Más tarde, el ejército mogol aumentó día a día en número y Akbar obtuvo el apoyo que tanto necesitaba. Akbar sabía que atacar Chittorgarh Fort directamente terminaría en la derrota de Mughals debido al apoyo de Rajput a Maharana Pratap en el evento. Akbar quería conquistar Mewar, que estaba siendo hábilmente gobernado por Rana Uday Singh II, un excelente príncipe de Mewar, el padre de Maharana Pratap.
Ordenó un asedio al fuerte de Chittor por todos lados para cortar los suministros del exterior para desmoralizar a los Rajputs. Los mogoles tenían una gran cantidad de cañones y otra artillería. En los años anteriores, Akbar había librado muchas batallas contra los Rajput y se había dado cuenta de que el Fuerte Chittorgarh, propiedad de Rajput, debía ser eliminado porque se usaba como bastión para aquellos que se oponían a él.
El asedio de Chittorgarh comenzó cuando Akbar y su fuerza personal mogol de 5.000 soldados rodearon un territorio de 6 millas alrededor del fuerte de Chittorgarh. El 23 de octubre de 1567, Akbar llegó y instaló campamentos y levantó banderas verdes del Imperio mogol, según los informes hindúes también trajo grandes pancartas y emblemas islámicos (las banderas islámicas eran comúnmente utilizadas por el ejército mogol). Su presencia personal en el campo de batalla fue un mensaje para los flancos de Rajput dentro del fuerte de que el asedio no era un asunto temporal. Al día siguiente, Akbar desató sus poderosos cañones, pero a los pocos días del asedio fue evidente que sus morteros necesitaban una mayor elevación. Akbar luego ordenó a sus hombres que construyeran el Mohur Margi (Mohur Hill, también conocido como: Coin Hill).
A medida que el asedio de Chittorgarh comenzó un enorme ejército mogol de casi 60,000 se reunieron para la batalla y en esta situación. Mientras el bombardeo y los continuos asaltos en el fuerte de Chittorgarh continuaron, durante un asalto en particular se cree que un disparo del propio cerrojo de Akbar hirió o mató al comandante de los ya desmoralizados Rajputs. Fue solo cuando casi todas las mujeres de Rajput cometieron Jauhar (auto inmolación de mujeres) que Mughals se dio cuenta de que la condición dentro del fuerte ahora estaba fuera de control y la victoria total estaba al alcance.
La fortaleza de Chittor finalmente cayó el 23 de febrero de 1568 después de un asedio de cuatro meses cuando fue asaltada por las fuerzas de Mughal. El asedio “habría durado más tiempo si Akbar no hubiera matado a Jaimal, el comandante de Rajput con un tiro de mosquete bien dirigido. La guarnición abandonó toda esperanza y las mujeres se inmolaron por el rito de jauhar”. Unas 25,000 personas fueron masacradas y ayudaron a la resistencia.
Akbar luego ordenó que las cabezas de sus enemigos se exhibieran en las torres erigidas en toda la región, para demostrar su autoridad y su victoria sobre el Chittorgarh.
Mientras tanto, Udai Singh y su familia se habían ido antes de la captura y se trasladaron a las estribaciones de la cordillera Aravalli, donde Udai Singh ya había fundado la ciudad de Udaipur en 1559.Después de la muerte de Udai Singh, Maharana Pratap ascendió al trono. En 1576, Akbar designó a Man Singh I y Asaf Khan I para liderar una fuerza contra Maharana Pratap. El Rana avanzó con una fuerza que numeraba casi la mitad de los números mogoles y tomó una posición cerca de Haldighati, que estaba a la entrada de un desfiladero. La batalla de Haldighati se libró el 18 de junio de 1576 durante aproximadamente 4 horas. En una pelea tradicional, los Rajput estaban en ventaja. Su impetuoso ataque provocó el desmoronamiento de las alas izquierda y derecha de Mughal y presionó el centro hasta que las reservas, y un rumor de la llegada de Akbar, cambió el rumbo y resultó en una retirada de Rajput. El calor y el miedo a la emboscada hicieron que los mogoles decidieran no perseguir a los Rajputs hacia las colinas.
El tercer día después de la Batalla de Haldighati, el 23 de junio de 1576, Man Singh I conquistó Gogunda, que luego fue recapturado por Pratap en julio de 1576. Pratap convirtió a Kumbhalgarh en su capital temporal. Después de eso, Akbar decidió liderar personalmente la campaña contra Pratap. En el proceso, Gogunda, Udaipur y Kumbhalgarh fueron ocupados por los mogoles, lo que obligó a los Rana a adentrarse en las zonas montañosas del sur de Mewar. Se ejerció presión mogol sobre el jefe afgano de Jalor y los jefes Rajput de Idar, Sirohi, Banswara, Dungarpur y Bundi. Estos estados, situados en las fronteras de Mewar con Gujarat y Malwa, habían reconocido tradicionalmente la supremacía del poder dominante en la región. En consecuencia, los gobernantes de estos estados se sometieron a los mogoles. También se envió una expedición mogol a Bundi donde Duda, el hijo mayor de Rao Surjan Hada, había colaborado con Pratap para tomar el control de Bundi y las áreas adyacentes. Tanto Surjan Hada como Bhoj, el padre y hermano menor de Duda, participaron en este conflicto en apoyo de los mogoles. Después de una victoria mogol, Duda escapó a las colinas y Bundi fue conferido a Bhoj.
La presión de Mughal sobre Mewar se relajó después de 1579 tras las rebeliones en Bengala y la incursión de Bihar y Mirza Hakim en el Punjab. En 1585, Akbar se mudó a Lahore y permaneció allí durante los siguientes doce años observando la situación en el noroeste. No se envió ninguna expedición mogol a Mewar durante este período. Aprovechando la situación, Pratap recuperó muchos de sus territorios perdidos, incluidos Kumbhalgarh, Udaipur, Gogunda, Ranthambore y las áreas alrededor de Chittor, aunque no el propio Chittor. Durante este período, también construyó una nueva capital, Chavand, cerca de la moderna Dungarpur. Su exitoso desafío a los mogoles usando la estrategia guerrillera también fue inspirador para figuras que van desde Shivaji hasta revolucionarios anti-británicos en Bengala.
Maharana Pratap murió en Chavand sucumbiendo a las heridas sufridas en la caza. Mientras estaba en el lecho de muerte, hizo de Amar Singh su sucesor frente a sus jefes y les hizo jurar mantener su lucha contra los mogoles y reconquistar Chittor.
