Los muyahidines inicialmente se refirieron en general a la resistencia indígena afgana a la ocupación soviética, y se componía de varias facciones diferentes unidas principalmente por la oposición al comunismo / gobierno pro-ruso y el ateísmo patrocinado por el estado, y en apoyo del derecho a practicar el Islam. Algunos muyahidines eran relativamente moderados y seculares, pero aún luchaban por el derecho a vivir en una nación musulmana.
Los musulmanes de diferentes etnias de todo el mundo viajaron a Afganistán para luchar por los muyahidines, viéndolo como una lucha por los derechos de los musulmanes a practicar su religión en sus propios países. Estos fueron conocidos como ‘árabes afganos’.
Los talibanes eran una facción extremista de los muyahidines, que derrotaron a los grupos más moderados después de que los soviéticos fueron derrotados.
Al Qaeda era un grupo insurgente entrenado por la CIA en la guerra de guerrillas en Pakistán (bajo el liderazgo de Osama Bin Laden) que luego fue enviado a la guerra afgana con dinero y entrenamiento para ayudar a galvanizar a los muyahidines, reclutar más combatientes para su causa, y usar de manera efectiva tácticas de desgaste para desgastar a los soviéticos. Los talibanes eliminaron a todos los muyahidines moderados después de la guerra.
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Al Qaeda se puso del lado del extremista Talibán y luego se convirtió en una red terrorista internacional enfocada en llevar a cabo ataques en suelo extranjero. Después de derrotar a los soviéticos, Bin Laden / Taliban / Al Qaeda se volvió contra los EE. UU. Porque los EE. UU. Mantenían una base militar en Arabia Saudita, que consideraban una ocupación militar extranjera en la tierra santa de los musulmanes. y también por el apoyo de los Estados Unidos a Israel y una variedad de otras quejas contra la actividad de los Estados Unidos en el Medio Oriente, y también porque eran fanáticos religiosos que pensaban que fueron ordenados por su dios para asesinar a personas inocentes.