Las secuelas en el sur fueron Reconstrucción. Básicamente, la Unión quería hacer que el Sur fuera racialmente igual antes de readmitirlos en la unión. Los estados del sur estaban gobernados con mano dura y con fuerte presencia militar. Durante la Reconstrucción, un número récord de afroamericanos ocupó cargos en el sur.
Finalmente, la fuerza de voluntad para la reconstrucción disminuyó en el norte. Hubo resultados electorales disputados en 1876, con los demócratas y los republicanos reclamando la victoria. Ambos afirmaron ganar ciertos estados del sur, que obviamente votaron por los demócratas, pero debido a que el proceso de reconstrucción estaba siendo dirigido por republicanos, se contaba como ganado como republicanos. Siguió un gran conflicto, antes del compromiso de 1877.
Con el compromiso de 1877, el Sur y los demócratas acordaron reconocer a Rutheford B Hayes, el candidato republicano, como presidente, a cambio de que el Norte retirara a las tropas del Sur y pusiera fin a la reconstrucción. Y así, los estados del sur fueron una vez más 100% estados.
Después de que terminó la reconstrucción, se aprobaron muchas Leyes de Jim Crow para iniciar el sistema de segregación, pero durante el corto período de tiempo entre el final de la guerra civil y el final de la reconstrucción, la sociedad sureña fue desegregada, aunque se vio obligado a serlo.
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En cuanto a los propios confederados, las tropas confederadas solo tenían que jurar lealtad a la unión ya que algunos líderes confederados, como Jefferson Davis, fueron encarcelados.