¿Producirá un arma nuclear una onda de choque en el espacio? Dado que no hay aire para transportar la ola, ¿la explosión tendría daños además de la metralla volando?

Sí, habrá ondas de choque pero no de la intensidad que detonó en la atmósfera la ley del cuadrado inverso.

Si se explota un arma nuclear en el vacío, es decir, en el espacio, la complexión de los efectos del arma cambia drásticamente:
Primero, en ausencia de una atmósfera, la explosión desaparece por completo, por lo que solo está viendo una explosión de rayos gamma, una supernova pero solo simétricamente.
En segundo lugar, la radiación térmica, como se define generalmente, también desaparece. Ya no hay aire para calentar la onda expansiva y el arma misma emite una radiación de frecuencia mucho más alta.

Pero si podemos aceptar la premisa de que es similar a una supernova, entonces, junto con el impulso, se propagará una onda de choque en una ola de gases en expansión. La longitud de onda es más larga en línea con la ley del cuadrado inverso, lo que la hace menos destructiva que cuando se detona en una atmósfera.

¿Afectará si se detona cerca del campo magnético de la Tierra? El EMP destruirá los satélites de comunicaciones.

Cuando una bomba atómica explota, produce enormes cantidades de rayos X, radiación gamma, neutrones, etc. Todo esto está muy por encima de la porción de luz visible del espectro electromagnético. Cuando se detona en una atmósfera, los rayos X son absorbidos por la atmósfera, lo que hace que el aire se caliente incandescente. Esto da como resultado el pulso térmico que causa la luz brillante, la explosión del aire caliente que se expande rápidamente y las quemaduras / incendios del calor radiante.
Una de las fotos más conocidas de pruebas de bombas muestra una enorme nube de hongo que se cierne sobre un grupo de barcos. Este fue el resultado de una detonación submarina de una ojiva. En un clip de película de la prueba muy difícil de encontrar, tomado por un avión que observa la prueba, se puede ver la bomba explotar. Fue suspendido de una barcaza en medio del grupo de barcos. Lo que puedes ver es un punto naranja oscuro que queda instantáneamente oscurecido por la explosión. La explosión es en realidad una gigantesca burbuja de vapor que resultó del calentamiento del agua por los rayos X de la bomba.

Así es, no puede haber ondas de choque.
Con su referencia a BSG, al “despejar la explosión” podrían haber significado moverse a una distancia donde los escombros estarían mucho menos concentrados para causar daños a la nave.