La Gran Biblioteca de Alejandría estuvo en declive durante algunos siglos al menos. Según Plutarco, fue destruido por el fuego en gran parte durante el asedio de Alejandría (47 a. C.) cuando las fuerzas romanas de Julio César tomaron el control de la ciudad (el fuego se extendió desde los barcos romanos en el Gran Puerto hasta los muelles y edificios cercanos, incluidos la biblioteca). Sin embargo, había una biblioteca hija en Serapeum (templo de Serapis) ubicada cerca de la muralla sur de la ciudad que sobrevivió. Aunque la biblioteca fue reconstruida en los años siguientes. Plutarco mencionó que 200 mil pergaminos fueron transferidos de la Biblioteca de Pérgamo por Marcus Antonius para compensar la pérdida. Cuando Octavio Augusto derrotó a Marco Antonio y se apoderó de sus posesiones, incluido Egipto, antes del 30 a. C., transfirió un número desconocido de pergaminos de Alejandría a Roma. También estableció otra biblioteca en Alejandría en un templo de su propia fama llamada Sebasteus que probablemente recibiría una parte de los pergaminos de la biblioteca primaria y / o Serapeum.
Es muy probable que la Gran Biblioteca sea destruida nuevamente en 273 CE. La reina Zenobia de Palmira comenzó a invadir las provincias romanas cercanas en 269 CE y declaró su independencia en 271 CE. Ella asumió el control de Siria, Palestina, Egipto y una parte de Asia Menor en este momento. Las tropas romanas del emperador Aureliano derrotaron a su ejército en 272 CE y la tomaron prisionera. Egipto no aceptó esto y continuó la resistencia bajo Firmus, un comerciante local influyente. Aureliano invadió Egipto y lo derrotó. Todo el barrio real (Brucheion) de Alejandría fue quemado en el proceso. La Gran Biblioteca también se encuentra allí. No hay evidencia histórica de que la Gran Biblioteca o su biblioteca hija en Serapeum exista después de este punto.
Los fanáticos cristianos, que estaban ocupados demoliendo templos paganos en Egipto después de 391 d. C. y asesinaron a Hipatia en 415 d. C., no estaban absolutamente interesados en la literatura griega clásica, etc. Aunque había bibliotecas más pequeñas en la ciudad, incluidas colecciones privadas, no hay evidencia de los cristianos para quemar estos.
Después de todo, la Gran Biblioteca de Alejandría contenía principalmente copias de textos antiguos que también se podían encontrar en otros lugares. No existía un conocimiento exclusivo que pudiera aportar avances tecnológicos o de otro tipo. Con casi todos los europeos analfabetos en la Edad Media, de todos modos no importaba. No había mucha demanda incluso para aquellas bibliotecas que existían.
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