En realidad, no solo Robert E. Lee, sino también James Longstreet, Jubal Early y otros líderes militares confederados fueron acusados de traición por un gran jurado federal en junio de 1865, justo después del final de la Guerra Civil de los EE. UU. respaldar a un juez federal. Esos casos no continuaron porque el Comandante General Ulysses S. Grant amenazó con renunciar a menos que el presidente Andrew Johnson instruyera al fiscal de los Estados Unidos para que no procesara a Lee ni a los demás, a la luz de los términos de la rendición que Grant había negociado con Lee. Ver: “Grant protege a Lee del juicio por traición”.
El hombre que había sido presidente de la Confederación, Jefferson Davis, también fue acusado de traición y no podía pretender estar protegido por los términos de una rendición militar, ya que nunca se había rendido. Davis fue arrestado y pasó dos años bajo custodia militar en Fort Monroe. Finalmente fue transferido al depósito de los tribunales civiles y puesto en libertad bajo fianza de $ 100,000. Su caso nunca fue a juicio. Todas las autoridades confederadas fueron indultadas por el presidente Johnson el día de Navidad de 1868 y el caso contra Davis fue finalmente desestimado en 1869, luego de que el fiscal de los EE. UU. Informara al juez que no lo procesaría.
Hay dos razones principales por las que ninguna autoridad confederada fue juzgada por traición. La primera es que las autoridades políticas no podían estar seguras de que un jurado federal, un juez o un tribunal de apelaciones no pudieran decidir que los estados tenían el derecho legal de separarse de la Unión. La Constitución de los Estados Unidos no proporcionó ningún mecanismo para la secesión pacífica, pero tampoco lo prohibió expresamente. Una decisión de un tribunal federal de que la secesión no era una traición habría sido una gran vergüenza para el gobierno. Dado que el resultado de la guerra había convertido ese punto en discutible, probablemente se decidió que sería mejor dejar que ese perro dormido mienta.
La segunda razón fue que muchos de los líderes de la Unión, incluidos el presidente Lincoln y los generales Grant y Sherman, consideraron prudente facilitar la paz en el sur. La mayoría de ellos (incluido el presidente Johnson, que inicialmente favoreció los juicios por traición contra los líderes confederados) llegaron a la conclusión de que llevar a cabo un juicio por traición a Jefferson Davis socavaría seriamente esa política de reconciliación. La reacción violenta pública en muchas partes de los Estados Unidos contra un juicio por traición al general Lee, un respetado militar, podría haber sido aún mayor.
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Por cierto, en 1869 la Corte Suprema de los Estados Unidos dictaminó que los estados no tienen derecho legal a separarse de la Unión; ver Texas v. White. Esta es ahora, por lo tanto, la “autoridad legal de control”, que solo puede modificarse mediante una nueva decisión de la Corte Suprema o mediante una enmienda constitucional.