Breckinridge era de Kentucky, un estado fronterizo, y todavía no estaba listo para apoyar la secesión en febrero de 1861, cuando los siete estados separados se reunieron para elegir un presidente para la Confederación. Breckinridge había sido elegido para el Senado al mismo tiempo que perdió su candidatura a la Casa Blanca, y a diferencia de otros senadores estatales esclavos que renunciaron a unirse a la Confederación, se quedó y apoyó a su senador principal, Thomas Crittenden, en un último esfuerzo para reunir a la Unión de manera pacífica. Cuando el ataque a Sumter puso fin a esa esperanza, intentó apoyar la neutralidad de Kentucky. Hasta septiembre de 1861, cuando las fuerzas de la Unión entraron en Kentucky, finalmente se declaró a la Confederación y aceptó el rango de general de brigada a cargo de una brigada de kentuckianos que habían desertado de manera similar a la Confederación. En ese momento, por supuesto, Jefferson Davis tenía el control firme de la Presidencia Confederada y Breckinridge no era un candidato para el puesto.
Aunque Davis también había nacido en Kentucky, había dejado el estado joven y su base de poder estaba en Mississippi, que lo había elegido primero para la Cámara y luego para el Senado. A diferencia de Kentucky, Mississippi se separó rápidamente en enero de 1861, y Davis renunció al Senado de los Estados Unidos menos de dos semanas después. Cuando la convención constitucional confederada se reunió en febrero, Davis fue aclamado presidente por los delegados, superando fácilmente a Robert Toombs de Georgia. Fue elegido porque, a diferencia de Toombs, era un líder militar creíble, había luchado en la Guerra de México y más tarde se desempeñó como Secretario de Guerra bajo Franklin Pierce.