Tres grandes razones
Muchos más africanos. Los esclavos africanos eran más fáciles de adquirir a través del sistema de comercio de esclavos. Además, los nativos americanos podrían haber representado una amenaza mucho mayor si una parte de su población fuera utilizada para el trabajo y la difusión del cristianismo.
Los esclavos africanos fueron enviados a través del océano en grandes cantidades. Dentro de cada barco, cientos de personas podrían estar apretadas en cuartos indeseables.
El sistema de comercio de ungüento entre África y América del Norte / Central ya estaba bien establecido por españoles y portugueses. El sistema, en colaboración con otros africanos que vendieron a sus hermanos africanos, fue muy beneficiario para los comerciantes.
Si una parte de los nativos americanos se usara para esclavos (y algunos definitivamente lo hicieron, no hay forma de que el 100% de la población esclava fuera exclusivamente africana), entonces las tribus locales / vecinas protestarían política o físicamente contra las plantaciones / granjas para liberar a sus hermanos.
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Estas son solo razones que supongo inicialmente, razones que veo mucho más lógicas (incluso dentro del marco ilógico de la realidad de la economía esclava).