La disputa territorial a lo largo de las líneas étnicas sería la razón principal. Los bosnios (musulmanes bosnios) y los croatas votaron abrumadoramente por la independencia de Bosnia y Herzegovina de Yugoslavia, mientras que los serbios de Bosnia boicotearon el voto y desearon que Bosnia y Herzegovina permaneciera dentro de Yugoslavia o al menos el territorio serbio controlado dentro de Bosnia y Herzegovina permaneciera en Yugoslavia, que se convirtió en un estado dominado por los serbios una vez que Croacia y Eslovenia declararon su independencia.
Los principales beligerantes fueron las fuerzas bosnias (que se convirtieron en el Ejército de Bosnia y Herzegovina-ABiH) y el Consejo de Defensa de Croacia (HVO) frente al Ejército de la República Srpska. Los dos primeros fueron ayudados por Croacia y luego Estados Unidos dirigió el esfuerzo de la OTAN, mientras que el último fue ayudado por Serbia y recibió el apoyo diplomático de Rusia y Grecia. Las fuerzas bosnias también recibieron notable ayuda de países islámicos más ricos en términos de fondos y voluntarios en forma de extremistas islámicos.
En medio de la Guerra de Bosnia, el Ejército de Bosnia y el Consejo de Defensa de Croacia rompieron su alianza en partes de Bosnia y comenzaron a luchar entre sí hasta que Estados Unidos los forzó a una alianza renovada contra las fuerzas serbias. Mientras tanto, las fuerzas serbias durante la mayor parte de la guerra controlaron aproximadamente el 70% del territorio de Bosnia y Herzegovina.
Hacia el final de la guerra, el Ejército de Croacia pudo ingresar a Bosnia y Herzegovina para ayudar a las fuerzas bosnias y croatas en Bosnia Herzegovina mientras la OTAN bombardeaba todas las rutas de comunicaciones internas de los serbios de Bosnia. El control serbio de Bosnia se redujo a menos del 50%, lo que los obligó a diferir a Slobodan Misosevic en Serbia para negociar en su nombre. Hasta el día de hoy se firmó un acuerdo de paz que divide a Bosnia internamente entre dos entidades, una serbia y otra serbia-croata compartida y un distrito independiente no étnico.
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