Primero, para aclarar algunos conceptos erróneos en la pregunta: las culturas nativas americanas sobreviven, aunque lo han pasado muy mal. Las tribus nativas americanas sobreviven en reservas y pequeñas comunidades en todo el país. Son, al igual que los nativos de otros lugares, muy occidentalizados en comparación con sus antepasados, pero las religiones y los idiomas nativos continúan allí. Sus números se han recuperado casi hasta donde estaban antes del contacto europeo, aunque son solo una fracción de la población general de EE. UU., A diferencia de una mayoría o al menos una pluralidad en lugares como Perú y Ecuador. Los nativos del norte no tenían civilización como los incas en América del Sur o muchos grupos del Viejo Mundo, pero había varias sociedades que se movían en esa dirección, con pueblos y otros grandes asentamientos y confederaciones tribales regionales.
En cuanto a la respuesta a la pregunta: porque murieron en grandes cantidades y muchos europeos se mudaron para llenar el vacío.
Todos los pueblos del Nuevo Mundo, desde Alaska en el norte hasta Tierra del Fuego en el sur, eran excepcionalmente vulnerables a enfermedades importadas inadvertidamente del Viejo Mundo. Las sucesivas oleadas de fiebre amarilla, viruela y otras enfermedades infecciosas diezmaron su número y destruyeron sus sociedades. Por el contrario, los nativos de lugares como África e India ya padecían esas mismas enfermedades y el encuentro con europeos no aportó nada nuevo. Irónicamente, la imagen de la enfermedad fue al revés en algunos lugares (los exploradores europeos en África occidental murieron en los viajes) hasta que se descubrió un tratamiento para la malaria en América del Sur. Y los europeos colonizadores tenían pocos escrúpulos sobre matar o expulsar a los sobrevivientes nativos americanos si querían la tierra.
En América del Norte, las tendencias de colonización atrajeron a un gran número de personas que buscaban aprovechar la tierra abierta por la muerte de los ocupantes anteriores, estableciendo un gran número de pequeñas granjas y comenzando empresas comerciales en pequeñas ciudades. La colonización en América del Sur y Central estaba más orientada hacia grandes plantaciones y empresas de extracción como la minería de oro. Sudamérica vio muertes nativas en las mismas proporciones que el norte, pero no exactamente la misma afluencia de colonos. También tendían a quedarse en las ciudades costeras, sin presionar tanto en las montañas de Perú o en la selva amazónica. También sospecho que los españoles y los portugueses estaban más dispuestos a casarse con los nativos, lo que llevó a grandes poblaciones mestizas que permitieron que la cultura y el idioma nativos sobrevivieran mejor, aunque las diferencias en la grabación demográfica lo hacen diferente. Hay varios estadounidenses blancos que (probablemente por error) reclaman un poco de herencia indígena americana, generalmente cherokee, que podría clasificarse como mestizo en otros lugares. O tal vez no.
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En cualquier caso, el punto es que los europeos se mudaron y se hicieron cargo físicamente en el norte, no solo política y económicamente como lo hicieron en el sur. Un gran número de personas de otros lugares reemplazó a las poblaciones nativas relativamente ligeras. Los enfoques norte y sur mataron a un gran número de personas; El enfoque sur terminó dando a los sobrevivientes más espacio para recuperarse.