El Papa Pío IX no proporcionó reconocimiento diplomático a la Confederación, pero tampoco simpatizaba con la causa de la Unión. Una razón por la que a Pío IX no le gustó el lado de la Unión en la Guerra Civil es que la Unión fue apoyada por su adversario político, Giuseppe Garibaldi. El patriota italiano Garibaldi se opuso tanto a la esclavitud y al ataque de la Confederación al gobierno republicano que incluso se ofreció como voluntario para tomar la comisión de un oficial en el ejército de la Unión. Incluso quería ser jefe del Ejército de la Unión, pero la administración de Lincoln lo rechazó. Como Garibaldi luchó del lado de la República Romana contra los Estados Pontificios, el Papa Pío IX tuvo el incentivo de ser favorable a la Confederación con el viejo proverbio de que “el enemigo de mi enemigo es mi amigo”.
En octubre de 1862, Pío IX envió una carta al arzobispo de Nueva York, John Hughes, que instaba a Hughes a trabajar con el arzobispo de Nueva Orleans, Jean-Marie Odin, para trabajar juntos para poner fin a la Guerra Civil. Los confederados habían causado grandes bajas a la Unión en la batalla de Antietam menos de un mes antes de que Pío IX enviara esta carta a los arzobispos. Aunque esta carta podría interpretarse como un llamado neutral a la paz, el momento hace que sea difícil no interpretar la carta como evidencia de las simpatías pro-confederadas de Pío IX, al alentar al Norte a renunciar a la guerra antes de terminar con la esclavitud o preservar la Unión .
En 1864, Pío IX emitió el Programa de errores, que condenó las revoluciones europeas de 1848 que emanciparon a la mayor parte de Europa de las monarquías católicas tradicionales. Además de defender la monarquía, Pío IX utilizó el programa de estudios para denunciar el liberalismo, la democracia y el republicanismo, que eran valores asociados con el lado de la Unión de la Guerra Civil.
De acuerdo con La causa de todas las naciones: una historia internacional de la guerra civil estadounidense de Don Doyle,
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La Confederación envió emisarios al Vaticano, apelando al Papa Pío IX, el archienemigo del republicanismo, para bendecir su “guerra santa” contra los “infieles” del Norte. También contrastaron la “mobocracia” del Norte con las tradiciones del gobierno patricio entre la nobleza de estilo europeo del Sur. Los sureños incluso alentaron a los europeos a pensar que la Confederación podría preferir una forma monárquica de gobierno, tal vez bajo un príncipe europeo. En varias ocasiones, los líderes del sur propusieron algún tipo de liga permanente con, o protectorado bajo, Francia, Gran Bretaña o España. Todo esto presagió mucho más que la separación bajo una nueva bandera.
Los sureños también se esforzaron por enfatizar que simpatizaban con los diseños europeos para restaurar la monarquía y la autoridad católica en América Latina. Los diplomáticos confederados recibieron instrucciones de repudiar las ambiciones imperialistas anteriores del Sur para un imperio tropical en América Latina. Aseguraron a los europeos que con un Sur independiente, la expansión ya no sería necesaria.
Pío IX fue equívoco en el tema de la esclavitud, pero no era amigo del gobierno democrático, lo que lo hizo simpatizar más con la Confederación aristocrática que los demócratas de pequeña D y los republicanos de pequeña R de la Unión.