¿Por qué algunas ciudades de hace 2000 años están enterradas bajo tierra, mientras que otras del mismo período no lo están?

Supongo que te refieres a estar continuamente habitada en comparación con las ciudades abandonadas. Este tipo de fenómeno puede explicarse de manera bastante simple.

Vamos a compararlo con tu casa. Debido a que está viviendo en su casa y realiza tareas de mantenimiento en la estructura, no se descompone y mantiene su compostura.
Ahora, digamos que has vivido en tu casa durante veinte años; Su casa está en perfectas condiciones porque la ha mantenido y reparado.
Entonces, ahora compare su casa con una casa abandonada que se haya quedado sola por la misma cantidad de tiempo; la casa abandonada habría decaído.

Las ciudades antiguas que han sido habitadas continuamente no son subterráneas porque hay personas que están dispuestas a arreglar la ciudad, y en su mayoría pagan impuestos y los gobiernos (incluso si hay muchos órganos de gobierno diferentes a lo largo del tiempo) mantendrán la ciudad y la mantendrán por encima el sedimento que normalmente se acumularía sin que nadie lo barriera.

En conclusión, es literalmente mantenimiento v. Decadencia. Si no lo arreglas, pasará a la clandestinidad.

Como señala el Sr. Amézaga, las ciudades que todavía están ocupadas, por supuesto, todavía están por encima del suelo.

En cuanto a las ciudades abandonadas hace cientos o miles de años, algunas todavía tienen ruinas sobre el suelo, principalmente porque se encuentran en un entorno donde hay poca deposición de sedimentos nuevos por ríos o inundaciones.

Aquellos cuyas ruinas están enterradas están situadas en entornos donde ríos o inundaciones han depositado sedimentos desde que fueron abandonadas.