En primer lugar, fue extremadamente importante porque fue el primer presidente en hacerse cargo de un partido político contrario (el Partido Federalista, que estaba en oposición directa al Partido Demócrata / Republicano de Jefferson). Jefferson sentó el precedente de comprometerse a ser el presidente de todas las personas a pesar de este cambio de poder, y también mantuvo algunas ideas importantes del Partido Federalista, como el Banco de los Estados Unidos, similar a la actual Reserva Federal.
Al igual que Washington y Adams antes que él, Jefferson dirigió con éxito un curso entre favorecer demasiado a Inglaterra o Francia, y así mantener a los Estados Unidos fuera de una guerra importante.
Sin embargo, las acciones de los marines contra los piratas de Berbería fueron un gran triunfo de la política exterior y militar.
A pesar de este éxito, Jefferson continuó afirmando que la política de los Estados Unidos era la libertad religiosa, no específicamente la creación de una nación cristiana o antimusulmana.
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Su actuación en la oportunidad de la Compra de Louisiana … y negociarla en primer lugar … es el evento más famoso de su presidencia y muy importante. Fue la anexión pacífica más grande del territorio en la historia del mundo.
Luego siguió con esto encargando la expedición de Lewis y Clark, que ayudó a abrir Occidente y trajo muchos artefactos que eventualmente se convirtieron en parte de la colección Smithsonian.