Aunque las otras respuestas son correctas para culpar a Tojo de la responsabilidad, hubo una agenda política por parte de los Estados Unidos que da un giro a la historia.
Cuando McArthur se hizo cargo de Japón, su agenda no era humillar aún más a los japoneses, sino reconstruir el país moral y económicamente. Se tomó la decisión de que el Emperador sirviera como símbolo de identificación para la nueva identidad japonesa. Tenga en cuenta que los Estados Unidos podrían haber terminado fácilmente con la monarquía japonesa y considerarla antes de llegar a las decisiones más pragmáticas para mantenerla.
Acusar al Emperador de crímenes de guerra no habría sido una buena idea. Pero las personas debían ser declaradas culpables como individuos, como un ejemplo moral, a pesar de que los EE. UU. Sabían que la mayoría de las decisiones se tomaban colectivamente. El emperador Hirohito, todavía joven a los 45 años para la política, por cierto. También fue bastante cooperativo romper el protocolo haciendo lo que equivalía a fraternizar con McArthur desde la perspectiva de los conservadores japoneses.
Así que McArthur llegó a un acuerdo con el establecimiento japonés, incluidos los conservadores difíciles de ganar: el Emperador no tendría culpa, no se realizarían investigaciones, si se daba testimonio contra Tojo y las personas que lo rodeaban.
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TL; Dr.: El emperador Hirohito puede no haber estado exento de culpa, pero se consideró lo suficientemente menor como para que eventualmente fuera más oportunista blanquearlo completamente y demonizar adecuadamente a Tojo.