Hay varios conflictos entre Pakistán y Afganistán.
A. La mayor es la demarcación de fronteras.
Las fronteras fueron definidas por británicos y se conoce como línea Durand.
Afganistán nunca ha aceptado esto como frontera y división de Pakhtoons en dos países.
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Por esta razón, Afganistán no reconoció a Pakistán durante 2 años después de la independencia.
Los pakhtoons nunca han aceptado esta división artificial y la han estado cruzando prácticamente libremente.
Esta frontera se volvió más porosa durante la guerra afgana cuando Pakistán recibió a millones de refugiados afganos y entrenó a afganos para pelear una guerra con las fuerzas soviéticas de ocupación.
En la actualidad, la frontera se ha vuelto nuevamente contenciosa después de que un ministro afgano declarara abiertamente que no reconocemos esta frontera y que todo Pakhtoonwa hasta Attok es parte de Afganistán.
B. Los esfuerzos de Pakistán para crear una zona de influencia en Afganistán, en otras palabras, el control del régimen en Afganistán es otro tema en el que los afganos acusan abiertamente a Pakistán de interferencia.
C. El apoyo a los talibanes y el respaldo militar de los talibanes y no forzarlos o llevarlos a la mesa de discusión, el apoyo a los talibanes para lanzar operaciones en Afganistán con el apoyo activo del ejército paquistaní, el último ser Khundooz es resentido por Afganistán.
D. La diferencia entre los talibanes buenos y malos y la rivalidad tribal tampoco es del agrado de los afganos.
E. Pakistán ve todo el desarrollo en Afganistán a través del Prisma de la Alianza del Norte, que son tribus mayoritarias no pakhtoon, y los talibanes que son tribus mayoritarias pakhtoon se resiente en Afganistán.
F. Pakistán ha estado planteando problemas a los consulados indios en los distritos fronterizos con Pakistán y acusando a Afganistán de fecilitar a los indios para crear problemas en Baluchistán a partir de estos consulados.
G. La Ayuda India y los programas de desarrollo que incluyen la construcción de carreteras, puentes, suministro de autobuses, etc., es visto por Pakistán como una supervisión deliberada por parte de los afganos al interés de Pakistán.
H. En la actualidad, ha surgido un nuevo problema: la India que está construyendo la presa en el río Kabul, que Pakistán considera un intento deliberado de India y Afganistán para reducir el flujo de agua hacia el Indo.
I.Cuando el río Kabul se unió al Indo en Attock en Pakistán, Pakistán siente que esta presa reducirá el flujo de agua hacia el Indo y, a su vez, perjudicará la disponibilidad de agua hacia el río aguas abajo de Pakistán.
J. Afganistán, uniendo sus manos con India e Irán para desarrollar conjuntamente Chabahar y una ruta terrestre alternativa a Kabul sin pasar por Pakistán, también se considera como una observación deliberada de los intereses paquistaníes.
K. Actualmente, los medios de comunicación de Pakistán han comenzado a acusar a Afganistán de desplegar tropas indias en las fronteras con Pakistán y declarar esto como una razón detrás de las hostilidades en un puesto fronterizo donde un mayor paquistaní con pocos cipayos fue asesinado.