Los armenios de Karabaj tenían una ventaja inicial y es inexacto que Azerbaiyán tuviera un ejército más grande. A finales de los años 80, el gobierno de Armenia era más liberal que el de Azerbaiyán. Antes estaban a favor de la separación con la política de relajación de glasnost , mientras que Azerbaiyán seguía siendo leal. Una vez que estallaron las protestas que rápidamente se intensificaron entre las dos etnias, Azerbaiyán dependía más del ejército de la Unión Soviética. Los armenios de Karabaj se armaron a través de una fuerza guerrillera insurgente. Las ciudades del NKR fueron desagregadas una por una como azeríes o armenias, y las fuerzas armenias de Karabaj se enfrentaron a las fuerzas del ejército soviético.
Cuando la Unión Soviética colapsó, Azerbaiyán llegó tarde a rearmarse. Las disputas políticas llevaron a un vacío en la dirección centralizada y los regimientos armados individuales dentro de Azerbaiyán se enfrentaron a las armas. Los armenios estaban más organizados para apoderarse de los tanques y armas soviéticos. Las fuerzas armenias de Karabaj, que controlaban Stepanakert, la capital, se apoderaron de las ciudades pobladas de Azerbaiyán. Shusha fue el último bastión azerí restante, pero la falta de comunicación y la falta de unidad llevaron a la deserción y la ciudad fue invadida.
Hasta este punto, los armenios de Karabaj y las fuerzas armenias continentales estaban bastante separados. Cuando el ejército de Azerbaiyán se reagrupó e intentó una contraofensiva, Kocharian movilizó a las fuerzas de Armenia para hacer retroceder al ejército de Azerbaiyán y mantenerlos a raya.
Hay innumerables detalles de esto y muchas teorías de conspiración, particularmente con la participación de los rusos antes y después de la independencia. Para una cuenta detallada, lea Black Garden que pasa por detalles inmensos.
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