Al principio, generalmente eran tolerantes con las diversas religiones que gobernaban. Tienden a favorecer a los grupos más cercanos sobre los grupos más lejanos, razón por la cual los cristianos nestorianos eran más prominentes que los cristianos latinos. Pero, en general, su posición era permitir que los pueblos conquistados mantuvieran sus religiones, aunque la élite mongol mantenía sus propias creencias.
Más tarde, después de que el imperio se fragmentara, algunos de los sucesores comenzaron a adoptar otras religiones. La Horda de Oro mantuvo en gran medida sus creencias tradicionales de Tengrismo, pero los budistas se hicieron mucho más importantes en el este bajo Kublai y en Oriente Medio el Ilkhanate adoptó el Islam.
No soy un experto en los mongoles, pero no he leído mucho sugiriendo que favorecieron las religiones sobre otras durante el período temprano, aunque más tarde, cuando algunos de los imperios sucesores se convirtieron, sí favorecieron ciertas religiones. En cuanto a sus puntos de vista, los mongoles siempre se vieron a sí mismos como mongoles, y a otros como útiles pero menos que un verdadero mongol. Esto continuó incluso en lugares como la dinastía Yuan, donde la élite intentó mantener las prácticas culturales mongolas mucho después de que el imperio se derrumbara.