Durante la era Tokugawa, el Shogun era el gobernante de facto del país. Él era (en esencia) el rey que controlaba los territorios feudales y recaudaba impuestos de los señores feudales (daimyos).
El emperador todavía se consideraba el líder legítimo de Japón, sin embargo, en la práctica, estaba esencialmente bajo arresto domiciliario en Kyoto con poca o ninguna influencia. El shogun tenía un oficial de enlace que fue designado para controlar al emperador y la familia real, junto con la corte imperial durante este tiempo, convirtiéndolo en un títere del shogunato. Esto permitió que el shogun hablara básicamente en nombre del emperador. El emperador fue utilizado como una herramienta por el shogun para legitimar su autoridad. Debido al hecho de que el Shogun estaba a cargo de los militares, el emperador se vio esencialmente obligado a aceptar su autoridad. Como el emperador era (¿es?) Visto como divino, esto ayudó a la autoridad del shogun en todo Japón.
Hacia el final de la era Tokugawa (tal vez los últimos 30 años antes de la Restauración Meiji), hubo cierta mezcla entre la familia Tokugawa y la familia real, lo que llevó a una mayor voz del emperador en los asuntos estatales. Esto también relajó la influencia del shogunato y, eventualmente, debido a muchos otros factores, como el fin del sakoku (aislacionismo) que condujo al sentimiento antioccidental, así como al nacionalismo proimperialista, las tropas que apoyaron al emperador pudieron derrocar al shogunato y restaurar el poder de la familia real.
Esta es una simplificación bastante masiva, ya que el período Tokugawa duró siglos, y el colapso se debió a una serie de problemas complejos que ocurrieron simultáneamente en Japón, pero la dinámica de poder básica entre el shogun y el emperador fue como se describió anteriormente: el hecho líder y un monarca títere bajo arresto domiciliario respectivamente.
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