No tengo respuesta para esto, pero podría intentar algunas suposiciones.
Por un lado, una gran parte de los barcos y soldados murieron o se perdieron durante los intentos anteriores de invadir Japón. Otra cosa a tener en cuenta es que Japón es más grande que Java.
Por lo que deduzco, la fuerza enviada contra Japón tenía la intención de conquistar y ocupar Japón, mientras que la enviada contra Java era una expedición punitiva. Se le pidió a Java que fuera un estado tributario y, como tal, no estoy seguro de si los mongoles alguna vez tuvieron la intención de conquistarlo y ocuparlo, tal vez la expedición fue más como una bofetada correctiva en la cara.
Desde un punto de vista operativo, las expediciones también fueron bastante diferentes.
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Ir de Quanzhou a Java en línea recta es de 3600 kilómetros.
Ir de Quanzhou a la isla de Tsushima y luego a Japón es un poco más de 1500 kilómetros.
Como tal, la ruta que los barcos tenían que navegar a Java era más del doble de la distancia que tenían que navegar a Japón. Esto significa que la carga sobre los barcos será más pesada, los barcos y las tripulaciones deberán ser pagados / reclutados por más tiempo, el pago de los soldados será mayor y el suministro de alimentos y otros equipos deberá ser mayor.
Todos estos factores conducen a la proyección del Poder: la Wikipedia del estado es menos cuanto más se aleja del país.