Había dos criterios principales.
- Los objetivos no debían haber sido bombardeados previamente para permitir una evaluación de cuánto daño podían hacer las bombas atómicas.
- Los objetivos debían ser de valor militar.
El Comité Objetivo nominó cinco objetivos: Kokura, el sitio de una de las plantas de municiones más grandes de Japón; Hiroshima, un puerto de embarque y centro industrial que fue sede de un importante cuartel militar; Yokohama, un centro urbano para la fabricación de aviones, máquinas herramientas, muelles, equipos eléctricos y refinerías de petróleo; Niigata, un puerto con instalaciones industriales que incluyen plantas de acero y aluminio y una refinería de petróleo; y Kyoto, un importante centro industrial. La selección del objetivo estaba sujeta a los siguientes criterios:
• El objetivo tenía más de 3 millas (4,8 km) de diámetro y era un objetivo importante en una gran área urbana.
• La explosión crearía un daño efectivo.
- ¿Fue uno de los mayores problemas de la Guerra de 1812 el hecho de que gran parte del ejército de los EE. UU. Todavía estaba operando bajo las ‘Reglas de la milicia estatal’?
- ¿Qué le hubiera pasado a Irak sin la guerra?
- ¿Eran los europeos antes de las Grandes Guerras más colectivistas que ahora?
- ¿Cómo defenderías a los Estados Unidos continentales si fueras invadido por una alianza de enemigos estadounidenses?
- ¿Cómo era Berlín antes de la Segunda Guerra Mundial?
• Era poco probable que el objetivo fuera atacado en agosto de 1945.
El 30 de mayo, Stimson le pidió a Groves que eliminara a Kyoto de la lista de objetivos debido a su importancia histórica, religiosa y cultural, pero Groves señaló su importancia militar e industrial. Stimson luego se acercó al presidente Harry S. Truman sobre el asunto. Truman estuvo de acuerdo con Stimson, y Kyoto fue eliminado temporalmente de la lista de objetivos. Groves intentó restaurar Kyoto en la lista de objetivos en julio, pero Stimson se mantuvo firme. El 25 de julio, Nagasaki fue puesto en la lista de objetivos en lugar de Kyoto. Bombardeos atómicos de Hiroshima y Nagasaki – Wikipedia
Una vez que se seleccionaron las ciudades objetivo, se llegó a un acuerdo para sacar a estas ciudades de la lista de ciudades para ser incendiadas.