Si bien tanto el Sultanato de Delhi (320 años) como el Imperio mogol (331 años) se extendieron por gran parte del subcontinente indio en diferentes momentos, hubo una marcada diferencia entre ambos en términos de origen, configuración administrativa, arquitectura, tolerancia hacia los no musulmanes y tales otros aspectos
- Mientras que el Sultanato de Delhi estuvo en pie desde 1205 hasta 1555, el Imperio mogol duró desde 1526 hasta 1857.
- El Sultanato de Delhi fue gobernado por varias dinastías en diferentes momentos, como Mamluk, Khilji, Tughlag, Sayyid y finalmente Lodhi, mientras que el Imperio Mughal fue gobernado por una sola dinastía.
- Fundador del sultanato de Delhi, Qutubuddin Aibak fue gobernador de Muhammad Ghori. Aibak era turco. Por otro lado, el Imperio mogol, establecido por Babur, fue una rama de la dinastía timurida del linaje turco-mongol. Babur era descendiente de Timur del lado del padre y Chengis Khan del lado de la madre.
- El Sultanato de Delhi en general no aprobó ningún reino o unidad autónoma dentro de su extensión. Posiblemente esa fue la razón por la que vio el surgimiento del Reino de Bahmani encabezado por el gobernador turco Alaudin Bahnan Shah. El imperio mogol, por otro lado, no vio muchas revueltas internas contra él.
- Aunque ambos solían imponer Jizya (impuesto pagado por no musulmanes) en diferentes momentos bajo diferentes gobernantes, los mogoles (excepto Aurangzeb) eran más tolerantes con los hindúes y los no musulmanes.
- Los mogoles hicieron un uso importante de las estrategias basadas en alianzas en contraste con los sultanes. Viz-Akbar incorporó Rajputs al gobierno mogol. Se permitió que Sardeshmukhi y Chauth fueran recogidos por Marathas, por algunos emperadores mogoles.
- En términos de arquitectura, mientras los sultanes hicieron un uso extensivo de las piedras locales, los mogoles eran más aficionados a la piedra arenisca roja. Sultanate fue el primero en introducir un verdadero arco, pero la arquitectura mogol fue más intrincada y más persa marcada por la introducción del concepto de Charbagh.
- También podemos observar que otros aspectos del arte y la cultura, como las pinturas y la música, tuvieron más importancia durante el reinado de los mogoles, especialmente Akbar y Shahjehan.