Hay muchas teorías diferentes sobre dónde se originó la Peste Negra.
La primera es que estalló en el ejército tártaro bajo Khan Djani-Beg, que estaba sitiando la ciudad de Caffa en Crimea (sur de Rusia). Hizo que sus soldados decapitaran a los enemigos tártaros y arrojaran las partes separadas del cuerpo sobre los muros de la ciudad para infectar a los defensores, como una especie de guerra biológica primitiva.
Otra es que la plaga estalló en China alrededor del año 1331, y en los próximos años se propagó por comerciantes y soldados que viajaban por las rutas comerciales entre Europa y Asia.
Otras teorías incluyen que la peste era endémica (se encuentra regularmente) en el sur de Rusia en ese momento.
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En cualquier caso, desde Crimea se propagó fácilmente por las ratas de a bordo a través del Mediterráneo y hacia Europa, traídas a Messina en octubre de 1347 por buques mercantes genoveses.