¿Debería tratarse un barco histórico de la Royal Navy como el barco de ‘Su’ Majestad si el soberano era hombre cuando el barco estaba activo?

El prefijo HMS se aplica solo a los barcos y establecimientos costeros que se encargan, es decir, son oficialmente parte de la Royal Navy y, como tales, tienen derecho a volar el White Ensign (la bandera de la Royal Navy).
Los barcos históricos que sé que todavía están en servicio incluyen:
Victoria del HMS

HMS Belfast

HMS Caroline

Alianza HMS

Los barcos comisionados son todos de la nave de SU Majestad, ya que el monarca es actualmente mujer (La Reina), y cambiaría / cambiará cuando el Príncipe Carlos se convierta en Rey.

Mary Rose no entra en esto ya que el prefijo HMS solo entró en uso en 1789, Mary Rose es anterior a eso.

HMS Warrior (1860 ), es otro barco del museo, sin embargo, solo se lo habría denominado Barco de Su Majestad en el período 1901–04 (y 1904-1923 cuando se renombró HMS Vernon III ). Anteriormente (1860–1901) habrían sido HER.

El HMS es una desviación de las reglas normales, ya que el HMS normalmente se eliminaría del nombre cuando el barco se desarme (tenga en cuenta que el Guerrero ha sido renombrado varias veces, como HMS Vernon III , Guerrero, Aceite Combustible Hulk C77 y luego finalmente HMS Warrior (1860) en 1985).
Puede notar que, como buque de guerra fuera de servicio, Warrior solo tiene derecho a la Liahona ROJA: (que significa un barco mercante británico).

Pasando a la otra parte de la pregunta, en barcos que se han hundido o vendido, la respuesta de John Richardson es excelente y cubre eso:
Depende de la “propiedad” y el contexto.
Comisionado : mantiene el HMS y se hace referencia al género del monarca actual
Hundido : se considera que todavía es “Propiedad de la Corona” (especialmente si se trata de una Tumba de Guerra) y se hace referencia a él como si todavía se hubiera encargado.
Desarmado / desechado : se mencionaría en el género apropiado para sus años de servicio, aunque algunos abarcaron el reinado de más de 1 monarca (el HMS Belfast fue originalmente su MS).

Si está escribiendo en un contexto histórico, entonces es apropiado referirse a ellos por el género del monarca en ese momento.

Un par de notas al margen: HMS Warrior (1860) se ha convertido recientemente en parte del Museo Nacional de la Marina Real, junto con HMS Victory y The Mary Rose . Esto podría provocar un cambio en su estado de comisión, y el nombre HMS Warrior (Northwood HQ) ya no está en uso (desde 1999). Ha habido otros guerreros HMS desde 1860-1883, por lo que el (1860) como parte de su nombre es casi necesario.

HMS Invincible (1744 o 1747), en las noticias de hoy, ya que el naufragio se va a excavar, se conoce como el primer HMS Invincible (de 6 hasta ahora) a pesar de que el prefijo HMS no se usó hasta 1789, y HMS Invencible se había hundido en 1758. El Monarca en ese momento era el Rey Jorge II, ¡y no estoy seguro del género para usar en ese!

Esa es una gran pregunta!

Todo depende de quién es el dueño del barco en este momento. Entonces, por ejemplo, VICTORY todavía es propiedad de la corona, por lo tanto, es el Barco de SU Majestad, a pesar de haber sido construido durante el reinado de un monarca masculino. WARRIOR, por otro lado, ya no es propiedad de la corona y, por lo tanto, se conoce como HIS Majesty’s Ship, a discreción de su actual propietario.

Si el barco se hundió y sigue siéndolo, sigue siendo propiedad de la corona y, por lo tanto, es ‘ELLA’. Si el barco se vendió como chatarra, pierde el HMS por completo, ya que es solo un casco. Triste, lo se!

Sin embargo, en referencia a los barcos históricamente, es apropiado usar el término contemporáneo, por lo que, por ejemplo, si hablaba de las hazañas de un barco de guerra durante la Segunda Guerra Mundial, podría referirse al Barco RODNEY de Su Majestad.

¡Espero que esto ayude!