¿Los diferentes idiomas de las diferentes tribus nativas americanas tienen mucho en común con la lingüística o son completamente diferentes?

No hay lenguaje humano que caiga de la esfera o estudio de la lingüística.

De hecho, el lenguaje es una construcción guiada por nuestras habilidades cognitivas generales. Si bien existen amplias variaciones y diferencias lingüísticas, ciertos conceptos son en realidad bastante comunes o universales. Por ejemplo, una oración en cualquier idioma se puede mapear usando diferentes anotaciones, por ejemplo, sujeto, verbo de objeto, adjetivo, marcador de caso, posesivo, plural, etc., etc.

Cada idioma puede variar en cómo se pueden formar y expresar los pensamientos, pero generalmente es un reflejo de la mente humana … y se encontrarán muchos conceptos en todas las poblaciones humanas.

Incluso los aislados de idiomas, es decir, los idiomas que no tienen un vínculo aparente con ningún otro idioma existente, no están realmente aislados ni son completamente aberrantes. Provienen de una familia de idiomas anterior o una rama de la población humana que simplemente representa una rama más única de nuestro árbol de lenguaje humano. Y a menudo, esto es de un linaje más antiguo que se ha oscurecido con el tiempo. Este es el caso de los idiomas nativos americanos que no muestran una conexión reciente con ningún idioma del Viejo Mundo. Estas poblaciones se separaron de un antiguo grupo ancestral euroasiático hace mucho tiempo, y han estado viviendo en zonas aisladas durante decenas de miles de años, por lo que ha evolucionado una increíble diversidad en las Américas.

La lingüística es el estudio del idioma y los idiomas: por definición, la lingüística abarca todos los idiomas, el estudio de la lingüística incluye todos los idiomas.
Incluso aislados como el euskera, un idioma que evolucionó independientemente de otros idiomas.
En cuanto a las relaciones de los idiomas del Nuevo Mundo con los idiomas del Viejo Mundo y el origen de los idiomas de los nativos americanos y las relaciones entre ellos, todo eso es muy debatido y hay varias teorías en competencia.
Este artículo puede resumirlo:
Singularidad de los indios americanos: lingüística y genética

En general, se cree que la mayoría o la totalidad de los idiomas de los nativos americanos están relacionados en última instancia (como la forma en que el español, el francés y el italiano están en latín). Sin embargo, difieren tan radicalmente entre sí ahora que hasta ahora ha sido imposible de demostrar, y si hay un antepasado común, existió hace mucho tiempo y probablemente nunca se reconstruirá (el proto-indoeuropeo es un ejemplo de un idioma ancestral que ha sido reconstruido, dio lugar a la mayoría de los idiomas de Europa, muchos en la India, y bastantes en el medio).