Según el registro histórico autobiográfico del emperador Babur, Tuzak-i Babari, la campaña de Babur en el noroeste de la India apuntó a los paganos hindúes y sij, así como a los apóstatas (sectas no sunitas del Islam), y un inmenso número de infieles fueron asesinados, con la construcción de campamentos musulmanes “. torres de calaveras de los infieles “en montículos. Baburnama registra de manera similar la masacre de pueblos y ciudades hindúes por parte del ejército musulmán de Babur, además de numerosas muertes de soldados hindúes y musulmanes en los campos de batalla.
En 1545, el ejército mogol de Sher Shah atacó el fuerte hindú de Kalinja, lo capturó y mató a todos los hindúes dentro de ese fuerte.
Akbar, durante sus primeros años de violencia religiosa, incluyó la masacre de hindúes de Garha en 1560 dC, bajo el mando del virrey mogol Asaf Khan. Otras campañas se dirigieron a Chitor y Rantambhor. Maulana Ahmad, la historiadora de esa época, escribió sobre la batalla en el fuerte Chitor. En la noche, los asaltantes musulmanes se abrieron paso en la fortaleza en varios lugares, y cayeron en matanzas y saqueos. Al amanecer, el Emperador entró montado en un elefante, al que asistieron sus nobles y jefes a pie. Se dio la orden de una masacre general de los infieles como castigo. El número superó los 8,000 (Abu-l Fazl afirma que había 40,000 campesinos con 8,000 Rajputs formando la guarnición). Los que escaparon de la espada, hombres y mujeres, fueron hechos prisioneros y su propiedad pasó a manos de los musulmanes.
Otro historiador, Nizamuddin Ahmad, registró la violencia durante la conquista de Nagarkot en la moderna Himachal Pradesh, de la siguiente manera:
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La fortaleza de Bhun, que es un templo ídolo de Mahámáí, fue tomada por el valor de los asaltantes (musulmanes). Un grupo de Rajputs, que había decidido morir, luchó hasta que todos fueron eliminados. Varios brahmanes, que durante muchos años habían servido en el templo, nunca pensaron en huir y fueron asesinados. Casi 200 vacas negras pertenecientes a los hindúes, durante la lucha, se habían congregado para refugiarse en el templo. Algunos turcos salvajes, mientras las flechas y las balas caían como lluvia, mataron a estas vacas una por una. Luego se quitaron las botas y las llenaron con la sangre, y la arrojaron sobre el techo y las paredes del templo.
Jehangir fue el cuarto emperador mogol bajo cuyo reinado la violencia religiosa fue dirigida contra hindúes, jainistas y sikhs. Un compañero de Jahangir, e historiador musulmán, describió la violencia religiosa como, los ídolos del Templo fueron destruidos y por orden del Emperador, para deshonrar a los infieles.
El reinado del emperador mogol Aurangazeb vio una escala de violencia religiosa en la India que figura en el puesto 23 de cada 100 episodios de atrocidades más mortales en la historia humana.
El reinado de Aurangzeb fue testigo de una de las campañas de violencia religiosa más fuertes en la historia del Imperio mogol, con aproximadamente 4,6 millones de personas asesinadas. Aurangzeb prohibió Diwali, reintrodujo la jizya (impuesto) a los no musulmanes, dirigió numerosas campañas de ataques contra los no musulmanes y destruyó templos hindúes.
Aurangzeb emitió órdenes en 1669, a todos sus gobernadores de provincias para “destruir con mano voluntaria las escuelas y templos de los no musulmanes, y que estaban estrictamente obligados a detener por completo la enseñanza y la práctica de las formas de adoración idólatras “. Estas órdenes y su propia iniciativa para implementarlas llevaron a la destrucción de numerosos templos, contribuyendo a la lista de templos destruidos durante el gobierno islámico de la India. Algunos templos fueron destruidos por completo; en otros casos, se construyeron mezquitas sobre sus cimientos, a veces usando las mismas piedras. Los ídolos fueron destrozados, y la ciudad de Mathura fue renombrada temporalmente como Islamabad en documentos oficiales locales.
Decir que los mogoles eran seculares es decir que Hitler predicó la no violencia.