Si bien los musulmanes no pueden reclamar ser la religión más perseguida en el mundo, hay una serie de casos en los que fueron / son. Como lo indica Ibrahim Zallum, la comunidad musulmana en Birmania es perseguida con bastante dureza. Los musulmanes en el sur de Filipinas han sido perseguidos de vez en cuando por el gobierno central de Filipinas. Los musulmanes chinos han sido perseguidos en el pasado, de vez en cuando, entremezclados con períodos de tolerancia. Hoy hay persecución de los musulmanes uigures en China. Los musulmanes han sido objeto de persecución en India después de la Partición. El Sr. Zallum también menciona a los musulmanes de Sicilia, que fueron perseguidos y expulsados junto con los judíos. Además, los musulmanes de Bosnia por parte de los serbios, y en general la expulsión de musulmanes de los países balcánicos y Grecia cuando el Imperio Otomano se retiró.
La persecución de musulmanes es el resultado de varias causas. A veces es simplemente violencia étnica, como es el caso de los serbios contra los bosnios, porque los serbios también persiguieron a los croatas por igual. En otras ocasiones, parece ser una respuesta a la violencia musulmana, como en Filipinas, y (algunos afirman) con los rohinga en Birmania. En otras ocasiones parece ser político, como con la persecución china de los uigures. Y luego está la violencia directa contra los musulmanes, donde un grupo religioso realmente odia el Islam per se y quiere eliminarlo. Este es el caso de la Reconquista española y de la persecución de los musulmanes en la India: no son cristianos / hindúes y, por lo tanto, son repugnantes. No hay una sola causa, no importa lo que digan los imanes.