La pregunta contiene una premisa falsa, que los crímenes de guerra deben ser tratados por un organismo independiente con la responsabilidad de enjuiciar las violaciones de las leyes de la guerra.
Antes de la creación y aceptación internacional de la Corte Penal Internacional, no existía ninguna institución internacional encargada de hacer cumplir las leyes de la guerra.
Las convenciones de La Haya y las convenciones de Ginebra anteriores a 1949 no describen ningún mecanismo de aplicación, ni sanciones ni procedimientos para su aplicación. Se espera (y se espera) que los signatarios se vigilen a sí mismos al tener códigos de justicia militar que implementen las reglas de las convenciones y las hagan cumplir.
Esa es una falla obvia, por supuesto, y supone que los firmantes no se involucrarán en violaciones sistemáticas.
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Las convenciones de La Haya estaban dirigidas principalmente a conflictos entre naciones y no tenían nada que decir sobre los firmantes que reprimían las insurrecciones o las insurgencias, de las cuales algunos de los conflictos citados en otras respuestas fracasan. Tampoco las convenciones de Ginebra anteriores a 1949.
Los militares con códigos de conducta militar en funcionamiento procesan las violaciones de las leyes de la guerra por parte de sus soldados.
Estados Unidos y Gran Bretaña lo hicieron en la Segunda Guerra Mundial. Se podría argumentar que no fueron tan minuciosos y consistentes al hacerlo, pero no se involucraron en las violaciones sistemáticas que Alemania o Japón fueron.
Del mismo modo, los soldados estadounidenses han sido procesados y condenados por asesinatos de civiles y otros crímenes de guerra en Vietnam, Irak y Afganistán. Estados Unidos podría haber sido más diligente e imparcial al hacerlo, pero eso no implica que el sistema de justicia militar haya sido sistemáticamente subvertido.
Dadas las deficiencias obvias de las convenciones de La Haya y Ginebra, ¿qué se debe hacer cuando los combatientes han cometido crímenes de guerra sistemáticos?
Esa era la situación en la que estaban los aliados después de la Segunda Guerra Mundial. 37 millones de civiles aliados habían muerto en la guerra. Alemania y Japón habían llevado a cabo un genocidio sistemático de civiles en los territorios ocupados. ¿Deberían los Aliados haber levantado la mano ante la falta de herramientas para hacer cumplir las leyes de la guerra y no haber intentado obtener alguna explicación de los crímenes de guerra cometidos?
Considero que la afirmación de que los juicios de Nuremberg son moralmente defectuosos o inconsistentes para ser risible. Los juicios de Nuremberg y los tribunales militares de Tokio establecieron una exposición clara y convincente de los crímenes de guerra de Alemania y Japón, basados en una base firme de derecho internacional. La alternativa, no perseguir crímenes de guerra por la muerte de millones, habría sido un error mucho mayor.