Si y no. Sí, en el sentido de que fue criado anglicano, vivió en la Virginia colonial anglicana, y luego fue educado en el Colegio de Nueva Jersey por presbiterianos escoceses.
No, en el sentido de que se consideraba un deísta, y más aún, un producto de la Ilustración. No, en todos sus voluminosos escritos después de que dejó el Colegio de Nueva Jersey, no se mencionan sus creencias religiosas personales. Existe su intenso interés en la libertad religiosa, específicamente en el desestabilitarismo. El término “cristiano” ha adquirido algunas connotaciones cuasipolíticas muy fuertes en los Estados Unidos posteriores a la década de 1960, muchos de los cuales se oponen directamente a las ideas de Madison. Era lo contrario de un evangélico fundamentalista. Pensaba que la religión no debería contar con el apoyo financiero o legal del gobierno: esta es su principal contribución original a la ciencia política estadounidense, e irónicamente le ha dado su poder al cristianismo estadounidense al obligarla a convertirse en la base de este espacio político intermedio llamado “sociedad civil”.