Irán era atractivo para los alemanes debido a su petróleo y la gran refinería en Abadan. Reza Shah había unificado Irán después de décadas de guerra civil en 1925. Era amistoso con Alemania, y Alemania suministró gran parte del equipo para el ferrocarril Trans Iraní que se completó en 1938 y corrió por 1.394 km de sur a norte en todo el país, con 230 túneles y 4100 puentes.
Los alemanes también estaban interesados en el vínculo racial. Irán en realidad significa “Tierra de los arios”. La Alemania nazi proporcionó a Irán lo que llamaron una Biblioteca Científica de Alemania. La biblioteca contenía más de 7500 libros seleccionados “para convencer a los lectores iraníes … del parentesco entre el Reich nacionalsocialista y la cultura aria de Irán”.
En varias publicaciones, conferencias, discursos y ceremonias pro-nazis, se trazaron paralelismos entre Reza Shah y Hitler. Hitler se convirtió en un héroe nacional iraní mientras hablaba de sus pueblos arios mutuamente oprimidos.
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Como resultado del suministro de equipos y otras obras de infraestructura por parte de empresas alemanas y el comercio entre los países, hubo muchos residentes alemanes en Irán al estallar la guerra. Atrapado en una posición difícil, Irán se declaró neutral. La embajada británica estimó que había alrededor de 1,000 residentes alemanes todavía en Irán a mediados de 1941, en comparación con unos 2,900 británicos.
Poco antes de la invasión alemana de Rusia, el jefe de Inteligencia alemana, el almirante Canaris, había visitado Teherán, presumiblemente para conversar con redes de espías.
Aunque el Shah era amigable con Alemania, no aprobó las políticas antijudías de Hitler y las embajadas iraníes rescataron a muchos judíos.
Los británicos habían descubierto petróleo en Irán en 1908 y tenían el monopolio de su producción, pero el Shah no estaba contento con las regalías pagadas a su país.
Cuando los alemanes invadieron la Unión Soviética en junio de 1941, Gran Bretaña y los soviéticos vieron que el ferrocarril iraní proporcionaría un mejor medio para suministrar armas a Rusia que los convoyes del norte. El 25 de agosto de 1941, los británicos y australianos desembarcaron una fuerza de invasión en el sur y los rusos invadieron desde el norte. No hubo declaración de guerra. El Shah pidió ayuda al presidente Roosevelt (esto fue antes de Pearl Harbor y Estados Unidos aún era neutral), pero solo brindó apoyo verbal. Los invasores superaron ampliamente a los iraníes, y las hostilidades cesaron el 17 de septiembre con alrededor de 800 víctimas iraníes y 150 aliadas.
Después de la invasión, los británicos insistieron en que Reza Shah abdicara en favor de su hijo de 17 años, Mohammad Reza Shah, quien se consideraba más favorable a los británicos. Mohammad Reza Shah permaneció en el poder hasta la revolución de 1979. Su padre buscó el exilio en Sudáfrica, donde murió en 1944.
Mohammad Reza Shah firmó un Tratado de Alianza con Gran Bretaña y la Unión Soviética en enero de 1942. Irán declaró la guerra a Alemania en septiembre de 1943. Para entonces, Estados Unidos había tomado el control del ferrocarril y reemplazado las máquinas de vapor por locomotoras diesel. En noviembre de 1943, la seguridad se consideró adecuada para celebrar una reunión de alto nivel entre Churchill, Stalin y Roosevelt en Teherán.
Los alemanes hicieron varios intentos de sabotear a los aliados y al ferrocarril. En la Operación Francois, el 502º Batallón SS Jäger se lanzó en paracaídas sobre Irán en el verano de 1943 e intentó que tribus disidentes sabotearan el ferrocarril. Esto fue un fracaso. Sobornaron al pueblo Qashqai, pero cuando se acabó el oro, el Qashqai los entregó a los británicos. Otro plan (Unternehmen Weitsprung) supuestamente ideado por Otto Skorzeny para asesinar a los líderes aliados fue frustrado cuando el espía soviético Gevork Vartanian descubrió el complot. Esta historia es bastante controvertida ya que se convirtió en películas en Rusia, pero los agentes de inteligencia estadounidenses descartaron la historia como información errónea soviética. Los británicos arrestaron al agente alemán Rudolf von Holten-Pflug y sus cómplices a fines de noviembre.