Los artículos recogidos antes de abandonar el pueblo de Mandan regresaron a San Luis a través del barco del río. Los barqueros del río francés fueron dirigidos por el cabo Warfington.
En el viaje de regreso desde Fort Clapsop, trajeron los artículos en las canoas. Al llegar a las Montañas Rocosas, el Cuerpo de Descubrimientos se dividió en 3 grupos. Lewis se dirigió al sur hacia lo que ahora es el Parque Nacional de Yellowstone. Luego siguió el río Yellowstone hasta el río Missouri. Clark se dirigió al norte hacia territorio Blackfeet y luego se dirigió al río Missouri. El sargento Patrick Gass dirigió al grupo restante de la forma en que la expedición llegó con los artículos para regresar a San Luis. En el camino, el grupo Gass recuperó los botes y artículos que habían sido cobrados antes de cruzar las Montañas Rocosas. Los tres grupos se reunieron en la intersección de Yellowstone y Missouri Rivers y juntos trajeron los artículos recolectados a St Louis. Desde allí fue fácil enviar el Mississippi.