Thomas Jefferson fue el principal antifederalista durante los años formativos de los Estados Unidos. Luchó contra ideas hamiltonianas como la asunción de deuda estatal por parte del gobierno federal después de la Guerra Revolucionaria. Esta opinión fue influenciada en gran medida por el hecho de que Jefferson vivía en Virginia, que había pagado sus deudas en gran parte al final de la guerra; La Nueva York de Hamilton todavía debía dinero. Además, la política jeffersoniana valoraba la agricultura del sur sobre los intereses comerciales del norte. Hamilton, por el contrario, consideraba que los negocios y la fabricación eran una forma vital de estimular la economía y continuar hacia el futuro (claramente, la predicción de Hamilton era más precisa).
Aunque había escrito 29 de los Documentos Federalistas, James Madison se convirtió más tarde en aliado político de Jefferson. Juntos, se comprometieron con Hamilton en un banco nacional (hoy llamado Reserva Federal). A cambio de su apoyo al banco, el Capitolio de los Estados Unidos sería trasladado a Virginia, en el río Potomac. Su ubicación anterior era Nueva York.