Tácticamente, fue otra derrota aplastante para un ejército de la Unión que disfrutó de todas las ventajas, pero Robert E. Lee y Stonewall Jackson lo superaron por completo, lo superaron y lo burlaron por completo. Ponía para siempre un legado en el legado del general competente Joseph Hooker, quien inexplicablemente no logró sacar ventaja temprana y desperdició toda la batalla tan mal que incluso sus posteriores admirables actuaciones en el oeste en Chattanooga no fueron suficientes para salvar completamente su nombre. . Se convirtió en un elemento básico de los libros de texto militares y los juegos de guerra en cuanto a cómo un ejército mucho más pequeño puede parecer más intimidante de lo que realmente era, y superó a uno mucho más grande con menos flexibilidad de comando. Le mostró a la Unión que, a pesar de las mejoras en el entrenamiento y la disciplina, el Ejército del Potomac todavía tenía un largo camino por recorrer para luchar contra los confederados en términos casi iguales, y los comandantes en ese teatro todavía lo querían.
Sin embargo, estratégicamente, la batalla hizo poco para influir o alterar el curso de la guerra. De hecho, podría decirse que es una victoria pírrica estratégica para la Confederación, dadas las grandes pérdidas en que incurrieron y especialmente la pérdida de Stonewall Jackson, uno de los comandantes de cuerpo más grandes que jamás haya existido. Nadie podía llenar los zapatos de Jackson y operar su cuerpo al mismo alto nivel, lo que se volvió dolorosamente obvio más tarde en la debacle en Gettysburg. Mientras tanto, la Unión hizo lo que siempre hizo después de las derrotas anteriores: lamió sus heridas, reemplazó sus pérdidas, cambió de comandantes (Meade para Hooker) y se fue a la siguiente batalla, que la Unión finalmente ganó decisivamente (Gettysburg). Después de que se emitió la Proclamación de Emancipación a raíz de la “victoria” en Antietam (en realidad un empate doloroso), la Confederación estuvo bastante aislada, con poca o ninguna esperanza de intervención o reconocimiento extranjero. Todo lo que la Unión tenía que hacer era mantenerse allí con sus números y recursos superiores, y aplastar a la Confederación, una estrategia que Grant y Sherman adoptaron por completo cuando fueron elevados a los principales mandos de las fuerzas de la Unión. Hubo más batallas sangrientas y derrotas incluso después de que la marea cambiara en Gettysburg, algunas de las cuales hicieron que las fallas en Chancellorsville palidecieran en comparación, pero en este punto la Confederación vivía en un tiempo prestado, y comenzaba a agotarse. Finalmente, la Batalla de Chancellorsville se convirtió en otra victoria vacía para la Confederación.