El Imperio Inca llegó a su fin cuando fue conquistado por el imperio español. El imperio ya era débil cuando llegaron, ya que los incas estaban en guerra civil; Luchó entre Huáscar y Atahualpa por la sucesión del trono imperial.
Francisco Pizarro desembarcó en Perú en 1532 con 168 hombres y 62 caballos, y se le aconsejó a Atahualpa que los matara. Cinquinchara creía que eran malvados, pero Atahualpa podía ver poca evidencia de eso a pesar de lo que otros habían escuchado, aceptó reunirse con Pizarro. El 15 de noviembre de 1532, los españoles se reunieron con el Sapa Inca Atahualpa en Cajamarca. Resulta que es bastante hospitalario con los conquistadores, a pesar de no entender sus intenciones. 6,000 seguidores también habían venido con Atahualpa. Todos desarmados. Las tropas españolas estaban ocultas en ese momento y luego atacaron de repente. Según informes, 2.000 incas fueron asesinados ese día, ya que los disparos de volea y las cargas del Calvario devastaron al inca hasta el punto de que fue solo una masacre.
La mayor parte del ejército inca estaba estacionado en Cuzco, la capital. Así que había poco para evitar la captura de Atahualpa. Fue tratado bien. Sin embargo, un número abrumador de tropas incas no podrían ser enviadas para ayudar, de lo contrario los españoles matarían al Emperador. Sin embargo, después de satisfacer las demandas de los españoles dándoles aún más oro y astilla de lo esperado, entendieron lo importante que era Atahualpa, por lo que al final lo mataron.
La muerte del inca Sapa significó que el ejército inca se paralizó. Y, en cualquier caso, fueron superados por las armas y la armadura de los españoles, y más particularmente por el caballo. El Inca no podía hacer nada para vencer los ataques del Calvario, y tener el Calvario significaba que los españoles podían mover a las tropas mucho más rápido. La mayoría de los conflictos en los que estuvieron involucrados los incas ocurrieron en el norte, en los que los enemigos de los incas se unieron a las filas de los españoles, que marchaban con quizás 500 hombres y caballos hacia Cuzco, la capital, que se abrió.
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Manco Inca Yupanqui encabezó una rebelión contra los españoles en 1536, lo que resultó en el asedio de Cuzco, en el que se habían reunido 100.000 hombres para ello. Había menos de 200 españoles en la ciudad, pero no se lanzó ningún ataque. Los españoles recibieron refuerzos que obligaron a Manco Inca a poner fin al asedio y retirarse. La rebelión estaba hecha. La batalla de Ollantaytambo en enero de 1537 resultó en una victoria inca, pero una vez más, los refuerzos españoles hicieron que Manco Inca abandonara Ollantaytambo y volviera a Vilcabamba. El estado neoincaico de Vilcabamba nació y es conocido como el último remanente de los incas. Sobrevivió hasta 1572.
Y uno de los factores más importantes fueron las enfermedades que los españoles trajeron de Europa. El tifus, la gripe, la viruela, la difteria y el sarampión devastaron absolutamente la población inca. El sistema de carreteras masivo y eficiente de los incas los consiguió rápidamente. En el momento de la finalización de la conquista española en 1572, posiblemente el 90% de los incas se habían ido. El resto permanecería por un poco más de tiempo, en el que los últimos del imperio inca se habían ido a más tardar en 1620.